德麦国际专著第374卷 · 胡志英著 · 王德生指导

第20章 构象 动态与分子身份的尺度

20.1 三种结构层级如何分开

确定一种分子的构造和构型以后,结构问题仍未结束。连接关系相同、立体中心安排相同的分子,可以通过内部运动形成不同空间形态。若把每一幅不能直接重合的图都当成一种新物质,候选数目会迅速膨胀;若把这些形态一概视为无关,又会漏掉重要的性质与反应差别。构象分析正是在这两种过度简化之间建立工作层次。

巴顿在1969年诺贝尔演讲开头,依次区分构造、构型和构象。构造说明原子连接,构型规定相关立体关系,构象则在前两者已经确定的条件下讨论不同空间安排。[C20-01] 本书沿用这种分层,但不把历史上各种定义压成完全一致的一句话。特别是构象是否只强调单键旋转,或还包括键角与键长的小幅变化,不同语境可能有不同宽度。

现代IUPAC条目把构象同保持连接结构的空间安排联系起来,并将构象异构体限定为对应不同势能极小值的形式。[C20-03] 这个区别有助于理解:分子可能经过许多瞬时形态,但化学家往往重点讨论少数较有利的形态。并非每一个热运动中的姿态都要获得一个独立名称,更不必把连续运动切成无限多瓶可分离材料。

以环己烷为例,椅式、船式等名称可以帮助描述环的空间形态。它们不代表元素清单变化,也不要求重新连接碳骨架。环的翻转还能改变某一取代基的轴向或赤道向位置,同时保持它相对于环的向上或向下关系。因此,轴向不等于某一种固定构型,赤道向也不能直接翻译成另一种构型。位置术语必须跟着所描述的层次使用。

用一个简单的几何比较可以看清这件事。在单取代环己烷的两个相应椅式中,原来轴向的取代基可以在翻转后成为赤道向;它与碳骨架的连接并未改变。若同时考察两个取代基,还要保持它们相对环面的同侧或异侧关系。翻转可以改变轴向、赤道向组合,却不能把原有的顺式构型任意变成反式构型。把模型实际转动一次,往往比背诵两个名称更能显示层次差别。

这也说明图像中的“上”需要约定。纸面上画得更高,不等于取代基位于环的同一侧;空间模型整体转动后,画面高低可以改变,构型关系仍保持。若不先区分观察者的位置与分子内部关系,构象图越复杂,反而越容易制造错误的异构体。

这一区分使同一分子可以具有动态而稳定的身份。它在运动中不必保持每一个原子的瞬时坐标,却可以保持构造和某些构型关系。稳定性由此并不等于静止。一个名称可以指称在给定条件下持续互变的一组相关形态,只要说明哪些变换被包含在该身份内,哪些变换会跨越到另一种对象。

不过,单键旋转也并非总是毫无障碍。若空间拥挤使旋转受到很强限制,某些形式可以在实验时间内保持区别,甚至被分别研究。巴顿的回顾提到受阻旋转所带来的早期挑战。[C20-01] 这说明“单键可以转,所以不可能产生可分形式”只是过度简化。是否能够分辨,取决于运动障碍和观测条件,而非只看纸面画了一条线。

为了理解这种关系,需要把三个时间分开:一次内部互变所需的时间、仪器响应的时间,以及样品从制备到测量的时间。若互变远快于观测,记录可能反映平均;若足够慢,可能出现可以分别辨认的信号;若样品在运输与保存期间已经改变,测量得到的又未必是最初制备的分布。时间尺度并非外部背景,它参与决定仪器所面对的对象。

因此,构象不会使分子身份瓦解成任意流动。它要求更精确地说明在什么层次上保持相同,以及在哪些条件下必须区分。化学名称、谱图与反应结果可以各自对某一层次敏感;合理判断要使它们相互对应。构象分析带来的新能力,是在保留稳定身份的同时,把其内部可变部分纳入解释。

20.2 椅式偏好为何要接受例外

环己烷研究使构象问题从可想象形态进入有证据的偏好判断。巴顿回顾哈塞尔的电子衍射工作,强调它对椅式安排的支持,并将这种偏好同非键相互作用联系起来。[C20-01] “偏好”一词尤其重要:它不是宣布其他形态在几何上画不出来,而是比较在给定条件下哪些安排更有利、更能代表实际样品。

一种模型若只证明椅式能够存在,还未解释为什么它优于其他形态。要作比较,必须考虑整套相互作用及相应能量代价。某种形态可能减小一个局部拥挤,却增加另一个位置的排斥;也可能改变键角、扭转关系或与环境的作用。构象分析把这些影响放到同一个对象上比较,不能只挑最容易画出的一个接触来决定全部结果。

对许多取代环己烷,赤道向位置有助于减小某些不利的非键接近,因此常形成有用的经验方向。但是,“尽量让大基团在赤道向”仍需要说明适用条件。若极性相互作用、环的稠合或其他结构因素显著改变比较,就不能继续只数赤道向基团的个数。一个成功的简便规则,其地位是压缩了常见条件下的有效关系,而非取消了这些条件。

巴顿1983年的回顾叙述了一类具有启发性的例外:研究某些溴代甾体酮时,按常见椅式预期应不同的两个产物,在红外与紫外判断中都显示与赤道向溴相符的性质,促使研究者采用非椅式解释。[C20-02] 本章不引用转录中易错的数字与分子标签,也不将演讲中的生动措辞当成原始实验记录。需要保留的是独立物理证据对默认构象提出了压力。

这种例外不会自动否定构象分析。若理论的根本思想是比较不同形态的相互作用,那么一个极端拥挤体系选择另一形态,正可以促使比较更完整。被撤回的是“凡有选择都必定椅式”的绝对化规则。被保留的是通过几何关系与能量代价解释偏好的方法。例外因此可以区分经验口诀与更一般的研究原则。

然而,这种说明也有可能沦为事后适配。看到不符合预期的谱学结果后画一个扭曲形态,再宣称一切已解释,仍然不够。新的安排需要与其他可测性质和化学行为相容,最好能产生与旧模型不同的进一步预期。巴顿1969年的回顾提到该类例外后来还接受核磁共振研究的检查。[C20-01] 多条证据的作用,是让修正后的模型继续承担风险。

不同方法观察的对象也并不完全相同。电子衍射、晶体衍射与溶液核磁共振,分别在不同材料状态和时间尺度上提供约束。晶体中稳定的一种形态,未必就是溶液中唯一形态;溶液中的平均信号,也不能简单画成一个实际长期停留的中间姿态。方法相互支持时,要说明支持的是共同结构关系,还是完全相同的构象分布。

核磁共振中的平均尤其容易被误读。若两个位置因快速运动而在某次测量中等效,不表示它们在每一瞬间拥有相同空间位置。降低温度后运动变慢,原先合并的表现有时可以分开;这类变化支持动态解释,但仍需检查温度是否同时改变了其他化学过程。这是一项一般的动态判据;用于具体样品时,须另有组成保持的依据,才能排除降温造成其他物种的可能。

与此相反,观测到多个信号也不能立刻认定有多个构象。杂质、构型异构体或不同化学环境都可能造成信号差别。构象解释的价值在于它能把信号数目、相对强度及随条件变化的方式联系起来,而不是只为多余峰提供一个方便名称。

溴代甾体酮的红外、紫外与后续核磁检查,因而不能只按方法数量累计支持。它们须共同约束原先的椅式预期与新的非椅式解释:哪些空间关系由各类信号支持,哪些仍依赖模型。如果比较使用了不同状态的样品,还须说明结论能否跨状态转移。保留各方法的对象和时间范围,才能判断符合究竟增加了哪一部分证据。

椅式偏好的成功,因而来自可限定、可修订的比较,而非一个永远不许例外的图标。它为许多复杂分子提供有效起点,也让偏离起点的材料变得有研究价值。正常情形使研究者知道该从哪里开始,异常情形则迫使他们辨认哪些相互作用此前被简化了。

20.3 从稳定图像到反应差异

构象分析真正进入化学核心,还因为它能够解释反应为何不同。若两个基团只有在特定相对方向下才能有效参与某一步转化,那么分子达到该方向的难易,就会影响反应。稳定形态、可达到形态和反应所需形态三者可能一致,也可能不同。因此,最常见构象并不自动就是决定产物的唯一构象。

巴顿在1969年的讨论中用甾体消除反应说明这一点:被固定在不同空间关系中的基团,满足相应反应几何要求的难易不同,反应速度由此可以相差显著。[C20-01] 这里不复述未经逐项核对的原始速率数字。案例提供的核心问题是,组成和官能团名称相近,仍不足以保证同样的反应性;它们在空间中的可接近方式需要进入解释。

从本书的分析看,反应速率至少涉及两个不同方面。一方面,反应性形态在样品中占多少;另一方面,一旦处在该形态,它跨越反应障碍有多容易。一个数量较少的形态,可以因为后续反应更快而对产物作出显著贡献。因此,直接把稳定性排序当成反应速度排序,可能导致错误。平衡分布与动力学路径需要分别讨论,再根据具体时间关系连接起来。

如果构象互变相对于反应很快,体系能够在反应进行时不断补充某种形态;若互变很慢,则不同初始形态可能沿各自路径反应。这两种极限会给出不同的解释要求。现实体系还可能处于中间区域,需要更细的动力学模型。本章不把某个普遍口号当成所有反应的答案,而强调先判断竞争过程的尺度。

温度变化可以同时改变分布、互变速度和反应速度。因此,升温后产物比例改变,不能只归因于某一个构象“变多了”。同样,溶剂变化可能影响不同形态的相对稳定性,也可能直接影响过渡过程。若实验要用反应结果反推构象,需要尽量让这些竞争解释接受独立检查,或清楚限定推断强度。

构象还可能把远处的结构变化传到反应中心。巴顿在后来的回顾中讨论甾体与三萜体系内,较远双键位置的改变与缩合速率差别之间的联系,并使用“构象传递”解释这种现象。[C20-02] 这里应分开记录与解释:速率差别是实验要确认的关系,形变沿分子传递则是对此提出的机制性理解。二者不能因为拥有同一个名称就视作同等直接观察。

这一问题迫使“局部官能团”获得新的边界。官能团分类非常有用,因为它将许多反应归入可迁移的类型;但一个官能团处在不同分子骨架中,可能面临不同空间约束。结构较远不等于作用微弱,直接相连也不等于影响必然最大。需要看骨架怎样允许或限制形变,以及反应对这些变化有多敏感。

如果为了保留官能团的简单规则,把所有远程差异都归为偶然,就会错过构象组织的作用;如果反过来把每一个难解释速率都称作构象效应,也会使概念失去区分力。可行的分析需要比较结构相近的系列,控制其他变化,并检查构象解释能否给出新的限制。没有独立线索的“构象效应”,最多是一个待检验方向。

将反应作为构象探针时,还会出现取样偏向。一个反应可能只从少量高反应性形态出发,因此产物显示的是反应选择过的部分,并非原样品最常见形态的简单复制。若用这个产物反推全部样品的构象分布,需要额外动力学信息。反应能够揭示某种形态可达,却未必直接测出它原先占多少。

这一区别也帮助理解“锁定构象”模型的用途。限制内部运动,可以减少解释中的候选,使某些几何要求更易检验;但锁定本身也可能改变局部环境和反应障碍。因此,固定模型与柔性分子的比较应当检查新增约束的影响,不能假定二者除运动自由度外完全相同。

模型计算能够参与这种比较,但不能把计算输出直接当作实验发现。一个力场或能量模型包含参数和近似,在已知体系中适用,不保证对所有骨架同样准确。计算可以提出有利构象、估计差别并帮助设计实验;实验则可检查模型遗漏了哪些相互作用。二者之间的合作,应当保留输入条件和误差范围,而非以图像精细程度代替可信度。

因此,构象分析使结构式与反应证据的关系更丰富了。第17章主要问哪些部分相连,本章还问相连部分在反应时怎样到达有效位置。一个固定连接图成为一组带有相对偏好和转换路径的空间形态。反应性从某个静止图形的标签,变成材料在规定环境与时间内能够完成哪些运动和转化的问题。

20.4 同一性预算与跨章回写

回看前面几章,化学身份不断增加层次:组成限定原子清单,构造限定连接,构型限定立体关系,构象描述在这些关系保持时的空间变化。层次增多并不要求每项研究都测定全部细节。实际工作需要判断哪些差异会影响当前结论,哪些可以在规定精度与条件下暂时忽略。本书将这种有根据的取舍称为同一性预算。

这里的预算不是把真实差异任意削去。它要求忽略某项差异时能够说明理由,例如该差异在目标测量中迅速平均,或其影响小于明确的误差范围。如果研究目标改变,原先可以忽略的内容就可能必须重新进入。预算描述研究任务与判据之间的关系,不能作为测量不足时自动宣布同一的许可证。

例如,计算某批材料的总体元素含量时,可能无须逐一分辨快速互变的构象;研究一个高度依赖空间接近的反应时,同样的简化则可能不够。两项研究可以对同一材料采用不同描述精度,而不互相否定。真正的问题是把前一任务中足够的身份判断,未经说明地搬入后一任务,假定它仍然满足全部要求。

这种取舍还需要考虑样品状态。固体、溶液和气相中的空间组织可以不同,仪器记录也可能强调不同平均。一个在晶体研究中得到的清楚结构,若直接用来解释所有溶液反应,需要额外桥梁。桥梁可以来自独立谱学、计算与反应比较,但不能仅靠“同一个分子名称”完成。名称保存共同构造,不会自动保证环境中的形态分布一致。

本章也对前面的图像作出回写。结构式仍然有效,却应理解为有条件的表示;构型仍然能够稳定区别对象,却不意味着其内部所有角度固定;旋光仍然可以提供重要证据,却可能受到构象分布和测量条件影响。这些补充保留了旧成果,也说明为什么同一个问题在仪器和理论改变后会出现新的可测层次。

对于酸性与催化两条后续检验线,构象研究提供的是方法启发,而非现成答案。某种属性能否简单归给一个官能团或一种成分,需要看环境与相互作用怎样参与产生可测结果。催化中反应物如何接近,酸碱过程中哪些形式参与平衡,都可能要求更细对象划分。但具体机制仍需由后文各自的证据说明,不能仅凭本章类比预先决定。

在资料交流中,同一性预算最好落实为明确描述,而非抽象声明。例如给出样品所处相、测量温度和需要区分的立体组成,可以让另一位研究者判断能否使用这项结果。这样的信息不必无限增加;应优先保存那些可能改变解释的条件。描述越贴近实际任务,就越能在简洁和可靠之间取得平衡。

巴顿回顾的材料已经呈现三种不同任务:电子衍射约束椅式偏好,甾体酮的谱学例外要求重查默认形态,消除反应则追问基团能否到达所需方向。不能用一张椅式图包办三种判断。构象语言的共同性来自能够区分稳定形态、可达形态与反应所选形态,并说明何时可以把它们接在一起。

构象分析还改变了“变化”的含义。并非每一次空间变化都需要给物质改名,也并非凡保持名称的变化就没有化学意义。某些内部运动可以强烈影响反应,而总体构造保持不变。认识这种中间层次,使化学摆脱只在静止物种与彻底反应之间二选一的粗糙图景,能够研究稳定身份内部有组织的动态。

这种共同语言也允许结果暂时不一致。一个模型可以较好说明稳定形态,却尚不能准确预测速率;相应成就应被保存,尚未解释的差别也应继续列为问题。无需让局部成功包办全部现象,才能使后续改进具有明确方向。

接下来,本书暂时沿酸性问题回到更早的年代。这是问题线索的转换,不表示氯研究发生在构象分析之后。我们将重新考察:当一种熟悉属性被归给某种组成原因时,哪些实验能够迫使归属改变?氯、酸与漂白提供一个清楚案例,使“对象身份”和“属性属于谁”这两类问题在不同历史场景中再次相遇。

本章来源与核验边界

[C20-01] D. H. R. Barton, “The Principles of Conformational Analysis”, Nobel Lecture, 1969。官网PDF直开受限,核读同一演讲文字转录的开头、环己烷、反应几何、例外及方法段落;不据OCR数字作定量结论。官方地址:https://www.nobelprize.org/uploads/2018/06/barton-lecture.pdf ; 实际读取转录:https://paperzz.com/doc/9200815/dhr-barton---nobel-lecture

[C20-02] D. H. R. Barton, “Creativity in Organic Chemistry”, Lindau Lecture, 1983。核读官方英文转录有关椅式例外和构象传递的段落;为作者回顾,转录含误识字,不使用其数字或不清分子名。https://mediatheque.lindau-nobel.org/recordings/31498/1983-creativity-in-organic-chemistry

[C20-03] IUPAC Gold Book, “conformation”, C01258;“conformer”, C01262。实际读取官方搜索索引定义,正文直开部分受限。https://goldbook.iupac.org/terms/view/C01258 ; https://goldbook.iupac.org/terms/view/C01262