单细胞组学

单细胞组学把组织平均拆开，却没有自动得到“真实细胞类型”。每个细胞只捕获一部分分子，解离会丢掉位置并诱导应激，聚类与批次校正又会重画边界；空间方法保留坐标，却在分辨率和分子数之间交换。过去二十年的关键转向，是从测一个细胞走到同时测状态、蛋白、染色质、位置、谱系和扰动。下面二十条把测量零值、算法分群和生物身份分开。 页尾的经典层继续追问：这些新读数所改写的老前提，当年由谁、用什么材料立起来。

第一幕解决吞吐和表示。首个单细胞转录组与Smart-seq证明可读完整表达，液滴条形码把规模推到数万细胞，CyTOF增加蛋白维度；伪时间从横截面重建过程，scATAC打开调控层，smFISH与MERFISH则在组织原位保留位置。

甲、首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞The First Single-Cell Transcriptome Breaks Population Averages Apart

换批次重做时，Tang等在2009年的工作把困难落到UMI深度可识别的对象上；本条改写的是「单细胞读数揭开分布，但零值可能是未捕获而非未表达」，而不是把首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞当作又一次性能刷新。将校准曲线整体重做时，首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞离开UMI深度对象定义后，平均改进可能只来自分母重选。

把样品规模放大后，本条锁定单细胞mRNA捕获与全长扩增：保持环境RNA与样本边界不变，只改变这一环节，首个单细胞转录组有效对象数／空间配准登记总数才应沿预测方向移动。让第二个实验室独立执行时，2019年复核若不能在环境RNA保留「单细胞读数揭开分布，但零值可能是未捕获而非未表达」的方向，它就只是原样本内的相关。

首项研究只测数个细胞，却在每个细胞检出约5,000个基因。把观察窗延长时，须按UMI深度口径把Tang等在2009年的提出证据与Islam等在2011年的后续结果放进首个单细胞转录组分母。更换原料或样本批号后，UMI深度核对对象是否同一，空间配准核对失败样本有没有被删去；二者分开，首个单细胞转录组有效对象数／空间配准登记总数才不由筛选规则制造。

缩小到单个对象时，原始研究已露出边界：几个胚胎细胞的高覆盖不能代表复杂组织的细胞回收、死亡与批次分布。争议不在于首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞是否发生，而在于增加扩增循环提高检出却放大分子偏倚时，单细胞mRNA捕获与全长扩增越强，目标读数反而越差。

把失败样本补回分母后，实际流程并列保存UMI深度、环境RNA与空间配准，分别标记对象、过程和退出原因。按预注册方案重跑时，工程验收以空间配准为入口采用首个单细胞转录组有效对象数／空间配准登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替首个单细胞转录组分母。

移出原先环境后，本条与第 332 号《生物信息学与计算生物学》第三条「单细胞基础模型：细胞表达矩阵被当作可预训练语言」形成可查接口：邻块用「单细胞基础模型：细胞表达矩阵被当作可预训练语言」核对生物信息学与计算生物学对象，本块只核对UMI深度下的首个单细胞转录组有效对象数／空间配准登记总数。改变操作者而锁定流程时，两边共享〔01 谁进入分母〕，却不能互相代替；首个单细胞转录组还须接受环境RNA的独立复测。在盲法复核中，反例仍由本家给出——几个胚胎细胞的高覆盖不能代表复杂组织的细胞回收、死亡与批次分布；删掉这项限制，只会得到同名类比。

乙、Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本Smart-seq Extends Single-Cell Reads across Full Transcripts

改用另一台装置后，Ramsköld等在2012年的工作把困难落到双细胞率可识别的对象上；本条改写的是「全长和高吞吐是不同轴，平台选择决定研究分母」，而不是把Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本当作又一次性能刷新。把样品规模放大后，若归档仍只留下冠军样品，UMI深度未接纳的未通过UMI深度、在批次校正退出或未进入Smart-seq统计的对象就会从因果账本中消失。

让第二个实验室独立执行时，本条锁定合成与扩增均匀性：保持批次校正与样本边界不变，只改变这一环节，Smart-seq有效对象数／UMI深度登记总数才应沿预测方向移动。更换原料或样本批号后，2019年复核若不能在批次校正保留「全长和高吞吐是不同轴，平台选择决定研究分母」的方向，它就只是原样本内的相关。

Smart-seq单细胞可检出8,000以上基因，代价是每批只有数十到数百细胞。缩小到单个对象时，须按双细胞率口径把Ramsköld等在2012年的提出证据与Picelli等在2013年的后续结果放进Smart-seq分母。把观察窗延长时，双细胞率核对对象是否同一，UMI深度核对失败样本有没有被删去；二者分开，Smart-seq有效对象数／UMI深度登记总数才不由筛选规则制造。

长转录本、扩增、低输入等位脱落和吞吐。提高通量而不改阈值时，原始研究已露出边界：成功建库细胞不包含裂解失败和低RNA细胞，等位脱落也会伪造单等位表达。争议不在于Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本是否发生，而在于换批次或换尺度后，批次校正改变且主效应方向不再保留。把失败样本补回分母后，2013年论文承担的是越过原双细胞率场景的边界检验，不能用更新年份冒充Smart-seq的独立复现。

按预注册方案重跑时，实际流程并列保存双细胞率、批次校正与UMI深度，分别标记对象、过程和退出原因。移出原先环境后，工程验收以UMI深度为入口采用Smart-seq有效对象数／UMI深度登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替Smart-seq分母。

改变操作者而锁定流程时，本条与第 031 号《免疫学》第丁条「Belimumab把系统性红斑狼疮从经验免疫抑制推进到B细胞生存信号」形成可查接口：邻块用「Belimumab把系统性红斑狼疮从经验免疫抑制推进到B细胞生存信号」核对免疫学对象，本块只核对双细胞率下的Smart-seq有效对象数／UMI深度登记总数。在盲法复核中，两边共享〔04 测量不改变被测对象〕，却不能互相代替；Smart-seq还须接受批次校正的独立复测。将校准曲线整体重做时，反例仍由本家给出——成功建库细胞不包含裂解失败和低RNA细胞，等位脱落也会伪造单等位表达；删掉这项限制，只会得到同名类比。

丙、液滴条形码把单细胞规模推到数万Droplet Barcodes Push Single-Cell Scale into Tens of Thousands

把样品规模放大后，Macosko等在2015年的工作把困难落到环境RNA可识别的对象上；本条改写的是「高通量的分母是进入装载的全部细胞与空滴，不是通过质控的矩阵列」，而不是把液滴条形码把单细胞规模推到数万当作又一次性能刷新。固定成本而扩大覆盖时，液滴条形码把单细胞规模推到数万离开环境RNA对象定义后，平均改进可能只来自分母重选。

更换原料或样本批号后，本条锁定微流控包封、条形码复杂度与泊松装载：保持空间配准与样本边界不变，只改变这一环节，液滴条形码有效对象数／双细胞率登记总数才应沿预测方向移动。把观察窗延长时，2019年复核若不能在空间配准保留「高通量的分母是进入装载的全部细胞与空滴，不是通过质控的矩阵列」的方向，它就只是原样本内的相关。

Macosko等2015年用Drop-seq分析约4.5万视网膜细胞，Klein等同年提出inDrop。提高通量而不改阈值时，须按环境RNA口径把Macosko等在2015年的提出证据与Klein等在2015年的后续结果放进液滴条形码分母。缩小到单个对象时，环境RNA核对对象是否同一，双细胞率核对失败样本有没有被删去；二者分开，液滴条形码有效对象数／双细胞率登记总数才不由筛选规则制造。

把失败样本补回分母后，原始研究已露出边界：4.5万通过分析的视网膜细胞没有包含解离死亡、未包封、空滴和双细胞。争议不在于液滴条形码把单细胞规模推到数万是否发生，而在于换批次或换尺度后，空间配准改变且主效应方向不再保留。按预注册方案重跑时，2015年论文承担的是越过原环境RNA场景的边界检验，不能用更新年份冒充液滴条形码的独立复现。

移出原先环境后，实际流程并列保存环境RNA、空间配准与双细胞率，分别标记对象、过程和退出原因。改变操作者而锁定流程时，工程验收以双细胞率为入口采用液滴条形码有效对象数／双细胞率登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替液滴条形码分母。

在盲法复核中，本条与第 036 号《认知神经科学》第丙条「多感觉贝叶斯因果推断」形成可查接口：邻块用「多感觉贝叶斯因果推断」核对认知神经科学对象，本块只核对环境RNA下的液滴条形码有效对象数／双细胞率登记总数。将校准曲线整体重做时，两边共享〔25 失败样本不含信息〕，却不能互相代替；液滴条形码还须接受空间配准的独立复测。把域外样本纳入时，反例仍由本家给出——4.5万通过分析的视网膜细胞没有包含解离死亡、未包封、空滴和双细胞；删掉这项限制，只会得到同名类比。

丁、CyTOF把单细胞蛋白维度扩到几十个标记CyTOF Expands Single-Cell Protein Measurements to Dozens of Markers

让第二个实验室独立执行时，Bendall等在2011年的工作把困难落到批次校正可识别的对象上；本条改写的是「高维蛋白表型由抗体面板定义，未测蛋白不是阴性」，而不是把CyTOF把单细胞蛋白维度扩到几十个标记当作又一次性能刷新。更换原料或样本批号后，若归档仍只留下冠军样品，环境RNA未接纳的未通过环境RNA、在UMI深度退出或未进入CyTOF统计的对象就会从因果账本中消失。

把观察窗延长时，本条锁定同位素标签纯度与抗体面板：保持UMI深度与样本边界不变，只改变这一环节，CyTOF有效对象数／环境RNA登记总数才应沿预测方向移动。缩小到单个对象时，2019年复核若不能在UMI深度保留「高维蛋白表型由抗体面板定义，未测蛋白不是阴性」的方向，它就只是原样本内的相关。

Bendall等2011年用CyTOF分析人造血系统31个参数并重建分化。把失败样本补回分母后，须按批次校正口径把Bendall等在2011年的提出证据与Spitzer与Nolan在2016年的后续结果放进CyTOF分母。提高通量而不改阈值时，批次校正核对对象是否同一，环境RNA核对失败样本有没有被删去；二者分开，CyTOF有效对象数／环境RNA登记总数才不由筛选规则制造。

抗体特异、离子重叠、细胞损失和无活细胞回收。按预注册方案重跑时，原始研究已露出边界：31个标记仍是人为选择面板，聚类出的细胞类型边界会随抗体集合改变。争议不在于CyTOF把单细胞蛋白维度扩到几十个标记是否发生，而在于换批次或换尺度后，UMI深度改变且主效应方向不再保留。移出原先环境后，2016年论文承担的是越过原批次校正场景的边界检验，不能用更新年份冒充CyTOF的独立复现。

改变操作者而锁定流程时，实际流程并列保存批次校正、UMI深度与环境RNA，分别标记对象、过程和退出原因。在盲法复核中，工程验收以环境RNA为入口采用CyTOF有效对象数／环境RNA登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替CyTOF分母。

将校准曲线整体重做时，本条与第 258 号《数据科学》第一条「公平性不可能三角证明“一个分数同时满足所有正义指标”通常做不到」形成可查接口：邻块用「公平性不可能三角证明“一个分数同时满足所有正义指标”通常做不到」核对数据科学对象，本块只核对批次校正下的CyTOF有效对象数／环境RNA登记总数。把域外样本纳入时，两边共享〔02 单一读数代表复杂对象〕，却不能互相代替；CyTOF还须接受UMI深度的独立复测。固定成本而扩大覆盖时，反例仍由本家给出——31个标记仍是人为选择面板，聚类出的细胞类型边界会随抗体集合改变；删掉这项限制，只会得到同名类比。

戊、伪时间把横截面细胞排列成过程假说Pseudotime Orders Cross-Sectional Cells into Process Hypotheses

更换原料或样本批号后，Trapnell等在2014年的工作把困难落到空间配准可识别的对象上；本条改写的是「伪时间是顺序模型，方向、速度和祖先关系需外部证据」，而不是把伪时间把横截面细胞排列成过程假说当作又一次性能刷新。把最优参数降为中位参数时，伪时间把横截面细胞排列成过程假说离开空间配准对象定义后，平均改进可能只来自分母重选。

缩小到单个对象时，本条锁定流形结构、根节点与轨迹假设：保持双细胞率与样本边界不变，只改变这一环节，伪时间有效对象数／批次校正登记总数才应沿预测方向移动。提高通量而不改阈值时，2019年复核若不能在双细胞率保留「伪时间是顺序模型，方向、速度和祖先关系需外部证据」的方向，它就只是原样本内的相关。

伪时间是顺序模型，方向、速度和祖先关系需外部证据。按预注册方案重跑时，须按空间配准口径把Trapnell等在2014年的提出证据与Saelens等在2019年的后续结果放进伪时间分母。把失败样本补回分母后，空间配准核对对象是否同一，批次校正核对失败样本有没有被删去；二者分开，伪时间有效对象数／批次校正登记总数才不由筛选规则制造。

移出原先环境后，原始研究已露出边界：横截面流形可由细胞周期或批次形成，平滑连续不证明真实谱系连续。争议不在于伪时间把横截面细胞排列成过程假说是否发生，而在于换批次或换尺度后，双细胞率改变且主效应方向不再保留。改变操作者而锁定流程时，2019年论文承担的是越过原空间配准场景的边界检验，不能用更新年份冒充伪时间的独立复现。

在盲法复核中，实际流程并列保存空间配准、双细胞率与批次校正，分别标记对象、过程和退出原因。将校准曲线整体重做时，工程验收以批次校正为入口采用伪时间有效对象数／批次校正登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替伪时间分母。

把域外样本纳入时，本条与第 043 号《深度学习》第五条「彩票假说：大网络里可能藏着可单独训练的稀疏子网」形成可查接口：邻块用「彩票假说：大网络里可能藏着可单独训练的稀疏子网」核对深度学习对象，本块只核对空间配准下的伪时间有效对象数／批次校正登记总数。固定成本而扩大覆盖时，两边共享〔10 更多数据必然减少偏倚〕，却不能互相代替；伪时间还须接受双细胞率的独立复测。交换发现批次与验证批次时，反例仍由本家给出——横截面流形可由细胞周期或批次形成，平滑连续不证明真实谱系连续；删掉这项限制，只会得到同名类比。

己、单细胞ATAC把调控状态从表达之外打开Single-Cell ATAC Opens Regulatory States beyond RNA

把观察窗延长时，Buenrostro等在2015年的工作把困难落到UMI深度可识别的对象上；本条改写的是「零可及片段多为未采到，不能直接转写成染色质关闭」，而不是把单细胞ATAC把调控状态从表达之外打开当作又一次性能刷新。撤去展示性筛选后，单细胞ATAC把调控状态从表达之外打开离开UMI深度对象定义后，平均改进可能只来自分母重选。

提高通量而不改阈值时，本条锁定每细胞可及片段与共享峰空间：保持环境RNA与样本边界不变，只改变这一环节，单细胞ATAC有效对象数／空间配准登记总数才应沿预测方向移动。把失败样本补回分母后，2019年复核若不能在环境RNA保留「零可及片段多为未采到，不能直接转写成染色质关闭」的方向，它就只是原样本内的相关。

首批scATAC分析约254个细胞，每细胞开放片段高度稀疏。移出原先环境后，须按UMI深度口径把Buenrostro等在2015年的提出证据与Cusanovich等在2018年的后续结果放进单细胞ATAC分母。按预注册方案重跑时，UMI深度核对对象是否同一，空间配准核对失败样本有没有被删去；二者分开，单细胞ATAC有效对象数／空间配准登记总数才不由筛选规则制造。

改变操作者而锁定流程时，原始研究已露出边界：聚类后的可及峰像群体平均，单个细胞多数位点没有直接读数。争议不在于单细胞ATAC把调控状态从表达之外打开是否发生，而在于换批次或换尺度后，环境RNA改变且主效应方向不再保留。在盲法复核中，2018年论文承担的是越过原UMI深度场景的边界检验，不能用更新年份冒充单细胞ATAC的独立复现。

将校准曲线整体重做时，实际流程并列保存UMI深度、环境RNA与空间配准，分别标记对象、过程和退出原因。把域外样本纳入时，工程验收以空间配准为入口采用单细胞ATAC有效对象数／空间配准登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替单细胞ATAC分母。

固定成本而扩大覆盖时，本条与第 305 号《数学教育与数学认知》第十二条「结构化AI导师可超越主动课堂，但不能外推为通用模型效应」形成可查接口：邻块用「结构化AI导师可超越主动课堂，但不能外推为通用模型效应」核对数学教育与数学认知对象，本块只核对UMI深度下的单细胞ATAC有效对象数／空间配准登记总数。交换发现批次与验证批次时，两边共享〔23 中位个案代表分布〕，却不能互相代替；单细胞ATAC还须接受环境RNA的独立复测。把最优参数降为中位参数时，反例仍由本家给出——聚类后的可及峰像群体平均，单个细胞多数位点没有直接读数；删掉这项限制，只会得到同名类比。

庚、smFISH把单分子计数与细胞位置保留下来smFISH Preserves Molecule Counts and Cellular Position

缩小到单个对象时，Lubeck等在2014年的工作把困难落到双细胞率可识别的对象上；本条改写的是「原位分子计数保留空间，代价是目标预选与成像复杂度」，而不是把smFISH把单分子计数与细胞位置保留下来当作又一次性能刷新。提高通量而不改阈值时，若归档仍只留下冠军样品，UMI深度未接纳的未通过UMI深度、在批次校正退出或未进入smFISH统计的对象就会从因果账本中消失。

把失败样本补回分母后，本条锁定探针特异、光学分辨与组合条码：保持批次校正与样本边界不变，只改变这一环节，smFISH有效对象数／UMI深度登记总数才应沿预测方向移动。按预注册方案重跑时，2019年复核若不能在批次校正保留「原位分子计数保留空间，代价是目标预选与成像复杂度」的方向，它就只是原样本内的相关。

组合smFISH先扩到32个基因，MERFISH随后推进到约1,000个目标。改变操作者而锁定流程时，须按双细胞率口径把Lubeck等在2014年的提出证据与Chen等在2015年的后续结果放进smFISH分母。移出原先环境后，双细胞率核对对象是否同一，UMI深度核对失败样本有没有被删去；二者分开，smFISH有效对象数／UMI深度登记总数才不由筛选规则制造。

在盲法复核中，原始研究已露出边界：高检测效率针对设计探针集合，未设计转录本不在分母，组织厚度也会造成漏计。争议不在于smFISH把单分子计数与细胞位置保留下来是否发生，而在于换批次或换尺度后，批次校正改变且主效应方向不再保留。将校准曲线整体重做时，2015年论文承担的是越过原双细胞率场景的边界检验，不能用更新年份冒充smFISH的独立复现。

把域外样本纳入时，实际流程并列保存双细胞率、批次校正与UMI深度，分别标记对象、过程和退出原因。固定成本而扩大覆盖时，工程验收以UMI深度为入口采用smFISH有效对象数／UMI深度登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替smFISH分母。

交换发现批次与验证批次时，本条与第 308 号《实验设计与抽样调查》第甲条「响应式调查设计：误差与成本要在采集中实时控制」形成可查接口：邻块用「响应式调查设计：误差与成本要在采集中实时控制」核对实验设计与抽样调查对象，本块只核对双细胞率下的smFISH有效对象数／UMI深度登记总数。把最优参数降为中位参数时，两边共享〔04 测量不改变被测对象〕，却不能互相代替；smFISH还须接受批次校正的独立复测。撤去展示性筛选后，反例仍由本家给出——高检测效率针对设计探针集合，未设计转录本不在分母，组织厚度也会造成漏计；删掉这项限制，只会得到同名类比。

辛、空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标Spatial Transcriptomics Returns Expression Matrices to Tissue Coordinates

提高通量而不改阈值时，Ståhl等在2016年的工作把困难落到环境RNA可识别的对象上；本条改写的是「空间方法在分子覆盖与位置分辨间交换，彩色图不等于单细胞全转录组」，而不是把空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标当作又一次性能刷新。

按预注册方案重跑时，本条锁定空间条码像素、扩散与分子捕获：保持空间配准与样本边界不变，只改变这一环节，空间转录组有效对象数／双细胞率登记总数才应沿预测方向移动。移出原先环境后，2019年复核若不能在空间配准保留「空间方法在分子覆盖与位置分辨间交换，彩色图不等于单细胞全转录组」的方向，它就只是原样本内的相关。

cellhashing可把8个以上样本混入一批，并识别多数跨样本双细胞。在盲法复核中，须按环境RNA口径把Ståhl等在2016年的提出证据与Rodriques等在2019年的后续结果放进空间转录组分母。改变操作者而锁定流程时，环境RNA核对对象是否同一，双细胞率核对失败样本有没有被删去；二者分开，空间转录组有效对象数／双细胞率登记总数才不由筛选规则制造。

将校准曲线整体重做时，原始研究已露出边界：名义像素小于细胞不保证单细胞，RNA扩散和切片重叠仍会混合邻居。争议不在于空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标是否发生，而在于换批次或换尺度后，空间配准改变且主效应方向不再保留。把域外样本纳入时，2019年论文承担的是越过原环境RNA场景的边界检验，不能用更新年份冒充空间转录组的独立复现。

固定成本而扩大覆盖时，实际流程并列保存环境RNA、空间配准与双细胞率，分别标记对象、过程和退出原因。交换发现批次与验证批次时，工程验收以双细胞率为入口采用空间转录组有效对象数／双细胞率登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替空间转录组分母。

把最优参数降为中位参数时，本条与第 119 号《流行病学》第乙条「测量回写 —— 样本越大，选择偏倚被放大得越明显」形成可查接口：邻块用「测量回写 —— 样本越大，选择偏倚被放大得越明显」核对流行病学对象，本块只核对环境RNA下的空间转录组有效对象数／双细胞率登记总数。撤去展示性筛选后，两边共享〔01 谁进入分母〕，却不能互相代替；空间转录组还须接受空间配准的独立复测。由外部团队只凭公开记录复算时，反例仍由本家给出——名义像素小于细胞不保证单细胞，RNA扩散和切片重叠仍会混合邻居；删掉这项限制，只会得到同名类比。

第二幕把模态、空间、谱系和因果接上。人类细胞图谱形成全球参考，CITE-seq、sci-CAR与SHARE-seq合并RNA、蛋白和染色质；空间转录与seqFISH扩展坐标，TabulaMuris和跨物种分类重估细胞类型，Perturb-seq与谱系记录提供因果和历史，批次整合与基础模型又引入过校正与数据泄漏的新边界。

一、人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系The Human Cell Atlas Builds an Open Coordinate System for Cells

把失败样本补回分母后，Regev等在2017年的工作把困难落到批次校正可识别的对象上；本条改写的是「细胞图谱是版本化参考，不是人类细胞种类的最终清单」，而不是把人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系当作又一次性能刷新。

移出原先环境后，本条锁定多组织采样、标准元数据与参考映射：保持UMI深度与样本边界不变，只改变这一环节，人类细胞图谱有效对象数／环境RNA登记总数才应沿预测方向移动。改变操作者而锁定流程时，2019年复核若不能在UMI深度保留「细胞图谱是版本化参考，不是人类细胞种类的最终清单」的方向，它就只是原样本内的相关。

细胞图谱是版本化参考，不是人类细胞种类的最终清单。将校准曲线整体重做时，须按批次校正口径把Regev等在2017年的提出证据与Rozenblatt-Rosen等在2017年的后续结果放进人类细胞图谱分母。在盲法复核中，批次校正核对对象是否同一，环境RNA核对失败样本有没有被删去；二者分开，人类细胞图谱有效对象数／环境RNA登记总数才不由筛选规则制造。

把域外样本纳入时，原始研究已露出边界：参考中的高质量细胞经过组织可得性和质控选择，难解离、病态和低RNA细胞会不足。争议不在于人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系是否发生，而在于换批次或换尺度后，UMI深度改变且主效应方向不再保留。固定成本而扩大覆盖时，2017年论文承担的是越过原批次校正场景的边界检验，不能用更新年份冒充人类细胞图谱的独立复现。

交换发现批次与验证批次时，实际流程并列保存批次校正、UMI深度与环境RNA，分别标记对象、过程和退出原因。把最优参数降为中位参数时，工程验收以环境RNA为入口采用人类细胞图谱有效对象数／环境RNA登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替人类细胞图谱分母。

撤去展示性筛选后，本条与第 332 号《生物信息学与计算生物学》第七条「泛基因组图：参考坐标从一条线变成多路径图」形成可查接口：邻块用「泛基因组图：参考坐标从一条线变成多路径图」核对生物信息学与计算生物学对象，本块只核对批次校正下的人类细胞图谱有效对象数／环境RNA登记总数。由外部团队只凭公开记录复算时，两边共享〔10 更多数据必然减少偏倚〕，却不能互相代替；人类细胞图谱还须接受UMI深度的独立复测。换批次重做时，反例仍由本家给出——参考中的高质量细胞经过组织可得性和质控选择，难解离、病态和低RNA细胞会不足；删掉这项限制，只会得到同名类比。

二、RNA velocity把未剪接转录本变成短时方向箭头RNA Velocity Turns Unspliced RNA into Short-Term Direction Arrows

按预注册方案重跑时，La Manno等在2018年的工作把困难落到空间配准可识别的对象上；本条改写的是「速度是模型化短时导数，不是实测谱系、迁移速度或长期命运」，而不是把RNA velocity把未剪接转录本变成短时方向箭头当作又一次性能刷新。移出原先环境后，若归档仍只留下冠军样品，批次校正未接纳的未通过批次校正、在双细胞率退出或未进入RNAvelocity统计的对象就会从因果账本中消失。

改变操作者而锁定流程时，本条锁定转录、剪接与降解动力学假设：保持双细胞率与样本边界不变，只改变这一环节，RNAvelocity有效对象数／批次校正登记总数才应沿预测方向移动。在盲法复核中，2019年复核若不能在双细胞率保留「速度是模型化短时导数，不是实测谱系、迁移速度或长期命运」的方向，它就只是原样本内的相关。

RNAvelocity用已剪接与未剪接2层计数，箭头通常只代表小时级未来。把域外样本纳入时，须按空间配准口径把La Manno等在2018年的提出证据与Bergen等在2020年的后续结果放进RNAvelocity分母。将校准曲线整体重做时，空间配准核对对象是否同一，批次校正核对失败样本有没有被删去；二者分开，RNAvelocity有效对象数／批次校正登记总数才不由筛选规则制造。

固定成本而扩大覆盖时，原始研究已露出边界：箭头依赖剪接模型和选基因，漂亮流场可在违反动力学假设时仍被算法画出。争议不在于RNA velocity把未剪接转录本变成短时方向箭头是否发生，而在于换批次或换尺度后，双细胞率改变且主效应方向不再保留。交换发现批次与验证批次时，2020年论文承担的是越过原空间配准场景的边界检验，不能用更新年份冒充RNAvelocity的独立复现。

把最优参数降为中位参数时，实际流程并列保存空间配准、双细胞率与批次校正，分别标记对象、过程和退出原因。撤去展示性筛选后，工程验收以批次校正为入口采用RNAvelocity有效对象数／批次校正登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替RNAvelocity分母。

由外部团队只凭公开记录复算时，本条与第 031 号《免疫学》第二条「Anifrolumab把I型干扰素签名变成SLE治疗入口」形成可查接口：邻块用「Anifrolumab把I型干扰素签名变成SLE治疗入口」核对免疫学对象，本块只核对空间配准下的RNAvelocity有效对象数／批次校正登记总数。换批次重做时，两边共享〔29 越精细越接近真实〕，却不能互相代替；RNAvelocity还须接受双细胞率的独立复测。改用另一台装置后，反例仍由本家给出——箭头依赖剪接模型和选基因，漂亮流场可在违反动力学假设时仍被算法画出；删掉这项限制，只会得到同名类比。

三、CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞CITE-seq Couples Surface Proteins and RNA in the Same Cell

把时间拨回论文发表前，转录本与蛋白丰度并不总一致，经典免疫细胞身份又依赖表面蛋白。移出原先环境后，Stoeckius等在2017年的工作把困难落到UMI深度可识别的对象上；本条改写的是「多模态减少RNA替代蛋白的误差，却不等于全蛋白组覆盖」，而不是把CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞当作又一次性能刷新。改变操作者而锁定流程时，若归档仍只留下冠军样品，空间配准未接纳的未通过空间配准、在环境RNA退出或未进入CITE-seq统计的对象就会从因果账本中消失。

在盲法复核中，本条锁定抗体寡核苷酸计数与细胞条形码共享：保持环境RNA与样本边界不变，只改变这一环节，CITE-seq有效对象数／空间配准登记总数才应沿预测方向移动。将校准曲线整体重做时，2019年复核若不能在环境RNA保留「多模态减少RNA替代蛋白的误差，却不等于全蛋白组覆盖」的方向，它就只是原样本内的相关。

首批CITE-seq同时测约10个表面蛋白和数千RNA基因。固定成本而扩大覆盖时，须按UMI深度口径把Stoeckius等在2017年的提出证据与Peterson等在2017年的后续结果放进CITE-seq分母。把域外样本纳入时，UMI深度核对对象是否同一，空间配准核对失败样本有没有被删去；二者分开，CITE-seq有效对象数／空间配准登记总数才不由筛选规则制造。

抗体面板、背景、表位、饱和和批次。交换发现批次与验证批次时，原始研究已露出边界：抗体面板外蛋白不存在于数据，背景校正也会改变低丰度阳性边界。争议不在于CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞是否发生，而在于换批次或换尺度后，环境RNA改变且主效应方向不再保留。把最优参数降为中位参数时，2017年论文承担的是越过原UMI深度场景的边界检验，不能用更新年份冒充CITE-seq的独立复现。

撤去展示性筛选后，实际流程并列保存UMI深度、环境RNA与空间配准，分别标记对象、过程和退出原因。由外部团队只凭公开记录复算时，工程验收以空间配准为入口采用CITE-seq有效对象数／空间配准登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替CITE-seq分母。

换批次重做时，本条与第 036 号《认知神经科学》第六条「开放科学与大团队认知研究」形成可查接口：邻块用「开放科学与大团队认知研究」核对认知神经科学对象，本块只核对UMI深度下的CITE-seq有效对象数／空间配准登记总数。改用另一台装置后，两边共享〔02 单一读数代表复杂对象〕，却不能互相代替；CITE-seq还须接受环境RNA的独立复测。把样品规模放大后，反例仍由本家给出——抗体面板外蛋白不存在于数据，背景校正也会改变低丰度阳性边界；删掉这项限制，只会得到同名类比。

四、sci-CAR把染色质可及与表达配对到同一细胞sci-CAR Pairs Chromatin Accessibility with RNA in the Same Cell

改变操作者而锁定流程时，Cao等在2018年的工作把困难落到双细胞率可识别的对象上；本条改写的是「同细胞多模态解决身份配对，不解决时间方向」，而不是把sci-CAR把染色质可及与表达配对到同一细胞当作又一次性能刷新。在盲法复核中，若归档仍只留下冠军样品，UMI深度未接纳的未通过UMI深度、在批次校正退出或未进入sci-CAR统计的对象就会从因果账本中消失。

将校准曲线整体重做时，本条锁定同细胞双模态条形码与联合稀疏模型：保持批次校正与样本边界不变，只改变这一环节，sci-CAR有效对象数／UMI深度登记总数才应沿预测方向移动。把域外样本纳入时，2019年复核若不能在批次校正保留「同细胞多模态解决身份配对，不解决时间方向」的方向，它就只是原样本内的相关。

sci-CAR在约4,800个细胞联合RNA与ATAC，双模态零值显著增加。交换发现批次与验证批次时，须按双细胞率口径把Cao等在2018年的提出证据与Ma等在2020年的后续结果放进sci-CAR分母。固定成本而扩大覆盖时，双细胞率核对对象是否同一，UMI深度核对失败样本有没有被删去；二者分开，sci-CAR有效对象数／UMI深度登记总数才不由筛选规则制造。

双模态稀疏、细胞损失、时间与对齐偏差。把最优参数降为中位参数时，原始研究已露出边界：联合测量仍是破坏性快照，所谓调控潜势来自模型而非同一细胞未来实测。争议不在于sci-CAR把染色质可及与表达配对到同一细胞是否发生，而在于换批次或换尺度后，批次校正改变且主效应方向不再保留。撤去展示性筛选后，2020年论文承担的是越过原双细胞率场景的边界检验，不能用更新年份冒充sci-CAR的独立复现。

由外部团队只凭公开记录复算时，实际流程并列保存双细胞率、批次校正与UMI深度，分别标记对象、过程和退出原因。换批次重做时，工程验收以UMI深度为入口采用sci-CAR有效对象数／UMI深度登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替sci-CAR分母。

改用另一台装置后，本条与第 258 号《数据科学》第甲条「MapReduce把计算移到数据旁边」形成可查接口：邻块用「MapReduce把计算移到数据旁边」核对数据科学对象，本块只核对双细胞率下的sci-CAR有效对象数／UMI深度登记总数。把样品规模放大后，两边共享〔23 中位个案代表分布〕，却不能互相代替；sci-CAR还须接受批次校正的独立复测。让第二个实验室独立执行时，反例仍由本家给出——联合测量仍是破坏性快照，所谓调控潜势来自模型而非同一细胞未来实测；删掉这项限制，只会得到同名类比。

五、细胞哈希把样本身份接入单细胞条形码Cell Hashing Adds Sample Identity to Single-Cell Barcodes

在盲法复核中，Stoeckius等在2018年的工作把困难落到环境RNA可识别的对象上；本条改写的是「复用能拆开批次与样本，但来源标签也有自己的失败谱」，而不是把细胞哈希把样本身份接入单细胞条形码当作又一次性能刷新。把观察窗延长时，细胞哈希把样本身份接入单细胞条形码离开环境RNA对象定义后，平均改进可能只来自分母重选。

把域外样本纳入时，本条锁定样本标签计数与多标签检测：保持空间配准与样本边界不变，只改变这一环节，细胞哈希有效对象数／双细胞率登记总数才应沿预测方向移动。固定成本而扩大覆盖时，2019年复核若不能在空间配准保留「复用能拆开批次与样本，但来源标签也有自己的失败谱」的方向，它就只是原样本内的相关。

早期空间转录斑点约100μm，常混合10个以上细胞。把最优参数降为中位参数时，须按环境RNA口径把Stoeckius等在2018年的提出证据与Kang等在2018年的后续结果放进细胞哈希分母。交换发现批次与验证批次时，环境RNA核对对象是否同一，双细胞率核对失败样本有没有被删去；二者分开，细胞哈希有效对象数／双细胞率登记总数才不由筛选规则制造。

撤去展示性筛选后，原始研究已露出边界：跨样本双细胞较易识别，同一样本双细胞仍会伪装成一个细胞。争议不在于细胞哈希把样本身份接入单细胞条形码是否发生，而在于换批次或换尺度后，空间配准改变且主效应方向不再保留。由外部团队只凭公开记录复算时，2018年论文承担的是越过原环境RNA场景的边界检验，不能用更新年份冒充细胞哈希的独立复现。

换批次重做时，实际流程并列保存环境RNA、空间配准与双细胞率，分别标记对象、过程和退出原因。改用另一台装置后，工程验收以双细胞率为入口采用细胞哈希有效对象数／双细胞率登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替细胞哈希分母。

把样品规模放大后，本条与第 043 号《深度学习》第二条「掩码自编码：预测缺失部分取代逐对样本比较」形成可查接口：邻块用「掩码自编码：预测缺失部分取代逐对样本比较」核对深度学习对象，本块只核对环境RNA下的细胞哈希有效对象数／双细胞率登记总数。让第二个实验室独立执行时，两边共享〔25 失败样本不含信息〕，却不能互相代替；细胞哈希还须接受空间配准的独立复测。更换原料或样本批号后，反例仍由本家给出——跨样本双细胞较易识别，同一样本双细胞仍会伪装成一个细胞；删掉这项限制，只会得到同名类比。

六、seqFISH+把上万基因留在单细胞原位seqFISH+ Keeps Thousands of Genes in Place

将校准曲线整体重做时，Eng等在2019年的工作把困难落到批次校正可识别的对象上；本条改写的是「原位高维读出保留位置，但测量对象仍由探针清单预先圈定」，而不是把seqFISH+把上万基因留在单细胞原位当作又一次性能刷新。把域外样本纳入时，若归档仍只留下冠军样品，环境RNA未接纳的未通过环境RNA、在UMI深度退出或未进入seqFISH+统计的对象就会从因果账本中消失。

固定成本而扩大覆盖时，本条锁定组合编码轮次、光学分辨和错误校正：保持UMI深度与样本边界不变，只改变这一环节，seqFISH+有效对象数／环境RNA登记总数才应沿预测方向移动。交换发现批次与验证批次时，2019年复核若不能在UMI深度保留「原位高维读出保留位置，但测量对象仍由探针清单预先圈定」的方向，它就只是原样本内的相关。

Eng等2019年用seqFISH+在小鼠细胞测约1万基因。撤去展示性筛选后，须按批次校正口径把Eng等在2019年的提出证据与Xia等在2019年的后续结果放进seqFISH+分母。把最优参数降为中位参数时，批次校正核对对象是否同一，环境RNA核对失败样本有没有被删去；二者分开，seqFISH+有效对象数／环境RNA登记总数才不由筛选规则制造。

成像轮次、探针、光学拥挤和三维厚度。由外部团队只凭公开记录复算时，原始研究已露出边界：一万基因清单不等于所有异构体和低丰度RNA，厚组织中的探针进入和重叠更难。争议不在于seqFISH+把上万基因留在单细胞原位是否发生，而在于换批次或换尺度后，UMI深度改变且主效应方向不再保留。换批次重做时，2019年论文承担的是越过原批次校正场景的边界检验，不能用更新年份冒充seqFISH+的独立复现。

改用另一台装置后，实际流程并列保存批次校正、UMI深度与环境RNA，分别标记对象、过程和退出原因。把样品规模放大后，工程验收以环境RNA为入口采用seqFISH+有效对象数／环境RNA登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替seqFISH+分母。

让第二个实验室独立执行时，本条与第 305 号《数学教育与数学认知》第一条「在线作业的因果效果来自即时反馈与教师使用」形成可查接口：邻块用「在线作业的因果效果来自即时反馈与教师使用」核对数学教育与数学认知对象，本块只核对批次校正下的seqFISH+有效对象数／环境RNA登记总数。更换原料或样本批号后，两边共享〔04 测量不改变被测对象〕，却不能互相代替；seqFISH+还须接受UMI深度的独立复测。把观察窗延长时，反例仍由本家给出——一万基因清单不等于所有异构体和低丰度RNA，厚组织中的探针进入和重叠更难；删掉这项限制，只会得到同名类比。

七、Tabula Muris把整只动物的细胞类型放到共同协议Tabula Muris Places Whole-Animal Cell Types on Common Protocols

把域外样本纳入时，Tabula Muris Consortium在2018年的工作把困难落到空间配准可识别的对象上；本条改写的是「全身图谱扩大参照，供体与解离选择仍决定谁进入图谱」，而不是把Tabula Muris把整只动物的细胞类型放到共同协议当作又一次性能刷新。固定成本而扩大覆盖时，若归档仍只留下冠军样品，批次校正未接纳的未通过批次校正、在双细胞率退出或未进入TabulaMuris统计的对象就会从因果账本中消失。

交换发现批次与验证批次时，本条锁定共享供体、双平台与跨组织注释：保持双细胞率与样本边界不变，只改变这一环节，TabulaMuris有效对象数／批次校正登记总数才应沿预测方向移动。把最优参数降为中位参数时，2019年复核若不能在双细胞率保留「全身图谱扩大参照，供体与解离选择仍决定谁进入图谱」的方向，它就只是原样本内的相关。

TabulaMuris2018年分析小鼠20个器官近10万细胞。由外部团队只凭公开记录复算时，须按空间配准口径把Tabula Muris Consortium在2018年的提出证据与Tabula Muris Senis Consortium在2020年的后续结果放进TabulaMuris分母。撤去展示性筛选后，空间配准核对对象是否同一，批次校正核对失败样本有没有被删去；二者分开，TabulaMuris有效对象数／批次校正登记总数才不由筛选规则制造。

换批次重做时，原始研究已露出边界：近十万细胞来自少数近交小鼠，细胞数不能替代个体、年龄和环境多样性。争议不在于Tabula Muris把整只动物的细胞类型放到共同协议是否发生，而在于换批次或换尺度后，双细胞率改变且主效应方向不再保留。改用另一台装置后，2020年论文承担的是越过原空间配准场景的边界检验，不能用更新年份冒充TabulaMuris的独立复现。

把样品规模放大后，实际流程并列保存空间配准、双细胞率与批次校正，分别标记对象、过程和退出原因。让第二个实验室独立执行时，工程验收以批次校正为入口采用TabulaMuris有效对象数／批次校正登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替TabulaMuris分母。

更换原料或样本批号后，本条与第 308 号《实验设计与抽样调查》第一条「高维试验回归：Lasso调整必须把选择误差纳入随机化推断」形成可查接口：邻块用「高维试验回归：Lasso调整必须把选择误差纳入随机化推断」核对实验设计与抽样调查对象，本块只核对空间配准下的TabulaMuris有效对象数／批次校正登记总数。把观察窗延长时，两边共享〔01 谁进入分母〕，却不能互相代替；TabulaMuris还须接受双细胞率的独立复测。缩小到单个对象时，反例仍由本家给出——近十万细胞来自少数近交小鼠，细胞数不能替代个体、年龄和环境多样性；删掉这项限制，只会得到同名类比。

八、跨物种细胞分类把类型改写成连续保守特征Cross-Species Taxonomy Recasts Cell Types as Conserved Feature Continua

固定成本而扩大覆盖时，Hodge等在2019年的工作把困难落到UMI深度可识别的对象上；本条改写的是「细胞类型是层级与连续分布，名称需绑定物种、组织和状态」，而不是把跨物种细胞分类把类型改写成连续保守特征当作又一次性能刷新。

把最优参数降为中位参数时，本条锁定跨物种同源基因空间与层级聚类：保持环境RNA与样本边界不变，只改变这一环节，跨物种细胞分类有效对象数／空间配准登记总数才应沿预测方向移动。撤去展示性筛选后，2019年复核若不能在环境RNA保留「细胞类型是层级与连续分布，名称需绑定物种、组织和状态」的方向，它就只是原样本内的相关。

跨物种皮层研究比较约16,000个人与小鼠细胞，采样脑区仍有限。换批次重做时，须按UMI深度口径把Hodge等在2019年的提出证据与Bakken等在2021年的后续结果放进跨物种细胞分类分母。由外部团队只凭公开记录复算时，UMI深度核对对象是否同一，空间配准核对失败样本有没有被删去；二者分开，跨物种细胞分类有效对象数／空间配准登记总数才不由筛选规则制造。

改用另一台装置后，原始研究已露出边界：被共同采样和可解离的皮层细胞形成比较分母，缺失区域和病态细胞没有进入。争议不在于跨物种细胞分类把类型改写成连续保守特征是否发生，而在于换批次或换尺度后，环境RNA改变且主效应方向不再保留。把样品规模放大后，2021年论文承担的是越过原UMI深度场景的边界检验，不能用更新年份冒充跨物种细胞分类的独立复现。

让第二个实验室独立执行时，实际流程并列保存UMI深度、环境RNA与空间配准，分别标记对象、过程和退出原因。更换原料或样本批号后，工程验收以空间配准为入口采用跨物种细胞分类有效对象数／空间配准登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替跨物种细胞分类分母。

把观察窗延长时，本条与第 119 号《流行病学》第一条「解释预算 —— 模型每加一层调整，换回多少可迁移的把握」形成可查接口：邻块用「解释预算 —— 模型每加一层调整，换回多少可迁移的把握」核对流行病学对象，本块只核对UMI深度下的跨物种细胞分类有效对象数／空间配准登记总数。缩小到单个对象时，两边共享〔10 更多数据必然减少偏倚〕，却不能互相代替；跨物种细胞分类还须接受环境RNA的独立复测。提高通量而不改阈值时，反例仍由本家给出——被共同采样和可解离的皮层细胞形成比较分母，缺失区域和病态细胞没有进入；删掉这项限制，只会得到同名类比。

九、批次整合把共同生物与技术差异放进同一优化Batch Integration Optimizes Shared Biology against Technical Variation

交换发现批次与验证批次时，Korsunsky等在2019年的工作把困难落到双细胞率可识别的对象上；本条改写的是「整合不是越混越好，必须保留预注册生物对照和独有状态」，而不是把批次整合把共同生物与技术差异放进同一优化当作又一次性能刷新。

撤去展示性筛选后，本条锁定批次校正目标与共享状态假设：保持批次校正与样本边界不变，只改变这一环节，批次整合有效对象数／UMI深度登记总数才应沿预测方向移动。由外部团队只凭公开记录复算时，2019年复核若不能在批次校正保留「整合不是越混越好，必须保留预注册生物对照和独有状态」的方向，它就只是原样本内的相关。

整合基准可含100万级细胞，真实独立供体数常少3个数量级。改用另一台装置后，须按双细胞率口径把Korsunsky等在2019年的提出证据与Luecken等在2022年的后续结果放进批次整合分母。换批次重做时，双细胞率核对对象是否同一，UMI深度核对失败样本有没有被删去；二者分开，批次整合有效对象数／UMI深度登记总数才不由筛选规则制造。

把样品规模放大后，原始研究已露出边界：批次混合分数可在删除真实疾病差异后变好，因此不能单独作为成功指标。争议不在于批次整合把共同生物与技术差异放进同一优化是否发生，而在于换批次或换尺度后，批次校正改变且主效应方向不再保留。让第二个实验室独立执行时，2022年论文承担的是越过原双细胞率场景的边界检验，不能用更新年份冒充批次整合的独立复现。

更换原料或样本批号后，实际流程并列保存双细胞率、批次校正与UMI深度，分别标记对象、过程和退出原因。把观察窗延长时，工程验收以UMI深度为入口采用批次整合有效对象数／UMI深度登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替批次整合分母。

缩小到单个对象时，本条与第 332 号《生物信息学与计算生物学》第五条「多组学整合：共同嵌入取代逐层相关」形成可查接口：邻块用「多组学整合：共同嵌入取代逐层相关」核对生物信息学与计算生物学对象，本块只核对双细胞率下的批次整合有效对象数／UMI深度登记总数。提高通量而不改阈值时，两边共享〔02 单一读数代表复杂对象〕，却不能互相代替；批次整合还须接受批次校正的独立复测。把失败样本补回分母后，反例仍由本家给出——批次混合分数可在删除真实疾病差异后变好，因此不能单独作为成功指标；删掉这项限制，只会得到同名类比。

十、Perturb-seq把基因扰动接到高维单细胞表型Perturb-seq Connects Genetic Perturbations to High-Dimensional Cell States

把最优参数降为中位参数时，Dixit等在2016年的工作把困难落到环境RNA可识别的对象上；本条改写的是「扰动因果要按实际编辑细胞与状态分布验收，而非向导标签平均」，而不是把Perturb-seq把基因扰动接到高维单细胞表型当作又一次性能刷新。撤去展示性筛选后，若归档仍只留下冠军样品，双细胞率未接纳的未通过双细胞率、在空间配准退出或未进入Perturb-seq统计的对象就会从因果账本中消失。

由外部团队只凭公开记录复算时，本条锁定向导捕获、编辑效率与单细胞表达响应：保持空间配准与样本边界不变，只改变这一环节，Perturb-seq有效对象数／双细胞率登记总数才应沿预测方向移动。换批次重做时，2019年复核若不能在空间配准保留「扰动因果要按实际编辑细胞与状态分布验收，而非向导标签平均」的方向，它就只是原样本内的相关。

Perturb-seq可在10⁵细胞并行数百扰动，每扰动有效细胞决定功效。把样品规模放大后，须按环境RNA口径把Dixit等在2016年的提出证据与Adamson等在2016年的后续结果放进Perturb-seq分母。改用另一台装置后，环境RNA核对对象是否同一，双细胞率核对失败样本有没有被删去；二者分开，Perturb-seq有效对象数／双细胞率登记总数才不由筛选规则制造。

让第二个实验室独立执行时，原始研究已露出边界：向导存在不等于目标已编辑，最强致死扰动会从捕获细胞中消失。争议不在于Perturb-seq把基因扰动接到高维单细胞表型是否发生，而在于换批次或换尺度后，空间配准改变且主效应方向不再保留。更换原料或样本批号后，2016年论文承担的是越过原环境RNA场景的边界检验，不能用更新年份冒充Perturb-seq的独立复现。

把观察窗延长时，实际流程并列保存环境RNA、空间配准与双细胞率，分别标记对象、过程和退出原因。缩小到单个对象时，工程验收以双细胞率为入口采用Perturb-seq有效对象数／双细胞率登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替Perturb-seq分母。

提高通量而不改阈值时，本条与第 031 号《免疫学》第一条「JAK抑制剂把类风湿多细胞因子信号压缩为口服靶点」形成可查接口：邻块用「JAK抑制剂把类风湿多细胞因子信号压缩为口服靶点」核对免疫学对象，本块只核对环境RNA下的Perturb-seq有效对象数／双细胞率登记总数。把失败样本补回分母后，两边共享〔02 单一读数代表复杂对象〕，却不能互相代替；Perturb-seq还须接受空间配准的独立复测。按预注册方案重跑时，反例仍由本家给出——向导存在不等于目标已编辑，最强致死扰动会从捕获细胞中消失；删掉这项限制，只会得到同名类比。

十一、CRISPR谱系记录把细胞历史写入可测条形码CRISPR Lineage Recording Writes Cell History into Barcodes

撤去展示性筛选后，Raj等在2018年的工作把困难落到批次校正可识别的对象上；本条改写的是「谱系条形码是带丢失和同形突变的历史记录，树置信度必须公开」，而不是把CRISPR谱系记录把细胞历史写入可测条形码当作又一次性能刷新。由外部团队只凭公开记录复算时，若归档仍只留下冠军样品，环境RNA未接纳的未通过环境RNA、在UMI深度退出或未进入CRISPR谱系记录统计的对象就会从因果账本中消失。

换批次重做时，本条锁定编辑速率、位点独立性与条形码读取：保持UMI深度与样本边界不变，只改变这一环节，CRISPR谱系记录有效对象数／环境RNA登记总数才应沿预测方向移动。改用另一台装置后，2019年复核若不能在UMI深度保留「谱系条形码是带丢失和同形突变的历史记录，树置信度必须公开」的方向，它就只是原样本内的相关。

谱系条形码是带丢失和同形突变的历史记录，树置信度必须公开。让第二个实验室独立执行时，须按批次校正口径把Raj等在2018年的提出证据与Spanjaard等在2018年的后续结果放进CRISPR谱系记录分母。把样品规模放大后，批次校正核对对象是否同一，环境RNA核对失败样本有没有被删去；二者分开，CRISPR谱系记录有效对象数／环境RNA登记总数才不由筛选规则制造。

更换原料或样本批号后，原始研究已露出边界：只采到的终末细胞进入树，死亡和未捕获谱系会被误作从未存在。争议不在于CRISPR谱系记录把细胞历史写入可测条形码是否发生，而在于换批次或换尺度后，UMI深度改变且主效应方向不再保留。把观察窗延长时，2018年论文承担的是越过原批次校正场景的边界检验，不能用更新年份冒充CRISPR谱系记录的独立复现。

缩小到单个对象时，实际流程并列保存批次校正、UMI深度与环境RNA，分别标记对象、过程和退出原因。提高通量而不改阈值时，工程验收以环境RNA为入口采用CRISPR谱系记录有效对象数／环境RNA登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替CRISPR谱系记录分母。

把失败样本补回分母后，本条与第 036 号《认知神经科学》第甲条「预测加工与贝叶斯脑」形成可查接口：邻块用「预测加工与贝叶斯脑」核对认知神经科学对象，本块只核对批次校正下的CRISPR谱系记录有效对象数／环境RNA登记总数。按预注册方案重跑时，两边共享〔23 中位个案代表分布〕，却不能互相代替；CRISPR谱系记录还须接受UMI深度的独立复测。移出原先环境后，反例仍由本家给出——只采到的终末细胞进入树，死亡和未捕获谱系会被误作从未存在；删掉这项限制，只会得到同名类比。

十二、单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练语料Single-Cell Foundation Models Treat Expression Matrices as Pretraining Corpora

由外部团队只凭公开记录复算时，Theodoris等在2023年的工作把困难落到空间配准可识别的对象上；本条改写的是「预训练迁移必须按供体、研究和组织隔离，细胞数不是独立样本数」，而不是把单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练语料当作又一次性能刷新。

改用另一台装置后，本条锁定预训练细胞规模、基因：保持双细胞率与样本边界不变，只改变这一环节，单细胞基础模型有效对象数／批次校正登记总数才应沿预测方向移动。把样品规模放大后，2019年复核若不能在双细胞率保留「预训练迁移必须按供体、研究和组织隔离，细胞数不是独立样本数」的方向，它就只是原样本内的相关。

单细胞基础模型以3,000万以上细胞预训练，独立供体远少于细胞数。更换原料或样本批号后，须按空间配准口径把Theodoris等在2023年的提出证据与Cui等在2024年的后续结果放进单细胞基础模型分母。让第二个实验室独立执行时，空间配准核对对象是否同一，批次校正核对失败样本有没有被删去；二者分开，单细胞基础模型有效对象数／批次校正登记总数才不由筛选规则制造。

把观察窗延长时，原始研究已露出边界：千万细胞常来自少数大型项目，随机拆细胞会让同供体和同批次泄漏到测试。争议不在于单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练语料是否发生，而在于换批次或换尺度后，双细胞率改变且主效应方向不再保留。

提高通量而不改阈值时，实际流程并列保存空间配准、双细胞率与批次校正，分别标记对象、过程和退出原因。把失败样本补回分母后，工程验收以批次校正为入口采用单细胞基础模型有效对象数／批次校正登记总数，单次图像和展示性个案都不能代替单细胞基础模型分母。

按预注册方案重跑时，本条与第 258 号《数据科学》第十条「检索增强生成把知识存储从参数内部拆到可更新语料库」形成可查接口：邻块用「检索增强生成把知识存储从参数内部拆到可更新语料库」核对数据科学对象，本块只核对空间配准下的单细胞基础模型有效对象数／批次校正登记总数。移出原先环境后，两边共享〔25 失败样本不含信息〕，却不能互相代替；单细胞基础模型还须接受双细胞率的独立复测。改变操作者而锁定流程时，反例仍由本家给出——千万细胞常来自少数大型项目，随机拆细胞会让同供体和同批次泄漏到测试；删掉这项限制，只会得到同名类比。

◎ 二十年连起来看

单细胞组学最深的变化，是判断对象从单一冠军读数转向完整责任链。2009年的「首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞」与2017年的「人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系」分别改写对象和尺度；把两条并读，才看见何种改进来自机制，何种改进只是分母移动。

第二条贯穿线是失败开始拥有名称。「CyTOF把单细胞蛋白维度扩到几十个标记」把失效写进过程，「细胞哈希把样本身份接入单细胞条形码」又把退出、域外和未复现样本放回账本。二十条自曝字段互不代用，说明单细胞组学的边界不是一句“仍需研究”可以概括。

第三条线是基础设施进入思想本身。从「空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标」到「单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练语料」，单细胞组学越来越依赖版本、共享数据、质量控制和长期维护。技术能否工作与谁能持续复算，已经是同一条命题的两个端点。

◎ 三个常见误解

误解一把「首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞」读成性能越高越好；只有首个单细胞转录组有效对象数／空间配准登记总数保持方向，冠军读数才可外推。

误解二把「RNA velocity把未剪接转录本变成短时方向箭头」理解为旧方法失效；在使用更多基因平滑箭头却把相反动力学平均成伪方向时，转录、剪接与…；方向反过来时，旧方法仍可能是更稳健的基线。

误解三把「CRISPR谱系记录把细胞历史写入可测条形码」当成自动化问题；若未通过环境RNA、在UMI深度退出或未进入CRISPR谱系记录统计的对象仍不设字段，吞吐越高，遗漏越难看见。自动化不会自行修复采样和标签的既有边界。

◎ 与相邻领域的接口

与第 031 号《免疫学》的分工落在对象层：对方第丁条「Belimumab把系统性红斑狼疮从经验免疫抑制推进到B细胞生存信号」解释邻域机制，本块「Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本」负责给出单细胞组学的可比读数与失败分母。

与第 308 号《实验设计与抽样调查》的接口落在方法层。对方「响应式调查设计：误差与成本要在采集中实时控制」提供另一种观测或计算，本块「smFISH把单分子计数与细胞位置保留下来」要求同一变化在双细胞率和批次校正之间保留方向。

与第 308 号《实验设计与抽样调查》的接口落在治理层。对方第一条「高维试验回归：Lasso调整必须把选择误差纳入随机化推断」处理外部条件，本块「Tabula Muris把整只动物的细胞类型放到共同协议」核对名义采用、真实到达与长期代价是否属于同一分母。

◎ 争议现场

第一场争论围绕「液滴条形码把单细胞规模推到数万」：4.5万通过分析的视网膜细胞没有包含解离死亡、未包封、空滴和双细胞。要收敛，需要在预注册方案中固定UMI深度与环境RNA，并把阴性批次逐一公开。

第二场争论围绕「sci-CAR把染色质可及与表达配对到同一细胞」：增加模态数降低每模态分子数并放大零值时，同细胞双模态条形码与联…；方向反过来。决定性设计不是继续增加同类样本，而是换装置、换实验室后保留sci-CAR有效对象数／UMI深度登记总数的符号。

第三场争论围绕「Perturb-seq把基因扰动接到高维单细胞表型」：未通过双细胞率、在空间配准退出或未进入Perturb-seq统计的对象。只有把这些对象纳入分母，并观察它们是否改变结论，争论才会从术语偏好变成可判决证据。

◎ 往下五年看什么

到2031年先看「伪时间把横截面细胞排列成过程假说」能否把伪时间有效对象数／批次校正登记总数从单中心读数推进到多中心分布，并公开中心间方差。

第二个读数是「CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞」的失败率：未通过空间配准、在环境RNA退出或未进入CITE-seq统计的对象占全部进入流程对象的比例是否下降，而不是入组后成功率是否继续升高。

第三个读数是「跨物种细胞分类把类型改写成连续保守特征」的真实迁移：在双细胞率改变、空间配准保持时，主效应的方向能否跨批次保留。

第四个读数是「单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练语料」的全成本分母：把维护、退出、复测与处置纳入后，单细胞基础模型有效对象数／批次校正登记总数是否仍优于现行基线。

◎ 可与哪些领域对撞

本块「首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞」与第 332 号《生物信息学与计算生物学》第三条「单细胞基础模型：细胞表达矩阵被当作可预训练语言」共享〔01 谁进入分母〕。两边若都成立，对象身份就不能只在实验开始前给定一次。

本块「空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标」与第 119 号《流行病学》第乙条「测量回写 —— 样本越大，选择偏倚被放大得越明显」都核对失败分母：退出者和未达标路径本身可能是结果。

本块「seqFISH+把上万基因留在单细胞原位」与第 305 号《数学教育与数学认知》第一条「在线作业的因果效果来自即时反馈与教师使用」在顺序上相反；需另设条件变量裁决何时可交换。

本块「CRISPR谱系记录把细胞历史写入可测条形码」与第 036 号《认知神经科学》第甲条「预测加工与贝叶斯脑」共同挑战“更多数据自然减偏”：同源误差增加时，置信度升而外推性不升。

◎ 十条可做的研究命题

命题1：固定UMI深度，以「CITE-seq把表面蛋白与RNA放」的只检验抗体寡核苷酸计数与细胞条形码共享预测CITE-seq有效对象数／空间配准；跨批次保留未通过空间配准、在环境RNA退出或未，失败样本使方向消失即证伪。

命题2：固定双细胞率，以「seqFISH+把上万基因留在单细胞」的只检验组合编码轮次、光学分辨和错误校正预测seqFISH+有效对象数／环境RN；跨批次保留未通过环境RNA、在UMI深度退出或，失败样本使方向消失即证伪。

命题3：固定环境RNA，以「批次整合把共同生物与技术差异放进同一」的只检验批次校正目标与共享状态假设，不以双预测批次整合有效对象数／UMI深度登记总；跨批次保留未通过UMI深度、在批次校正退出或未，失败样本使方向消失即证伪。

命题4：固定批次校正，以「单细胞基础模型把表达矩阵当作可预训练」的只检验预训练细胞规模、基因，不以空间配准预测单细胞基础模型有效对象数／批次校正登；跨批次保留未通过批次校正、在双细胞率退出或未进，失败样本使方向消失即证伪。

命题5：固定空间配准，以「液滴条形码把单细胞规模推到数万」的只检验微流控包封、条形码复杂度与泊松装载预测液滴条形码有效对象数／双细胞率登记总；跨批次保留未通过双细胞率、在空间配准退出或未进，失败样本使方向消失即证伪。

命题6：固定UMI深度，以「单细胞ATAC把调控状态从表达之外打」的只检验每细胞可及片段与共享峰空间，不以U预测单细胞ATAC有效对象数／空间配准登；跨批次保留未通过空间配准、在环境RNA退出或未，失败样本使方向消失即证伪。

命题7：固定双细胞率，以「人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系」的只检验多组织采样、标准元数据与参考映射预测人类细胞图谱有效对象数／环境RNA登；跨批次保留未通过环境RNA、在UMI深度退出或，失败样本使方向消失即证伪。

命题8：固定环境RNA，以「sci-CAR把染色质可及与表达配对」的只检验同细胞双模态条形码与联合稀疏模型预测sci-CAR有效对象数／UMI深度；跨批次保留未通过UMI深度、在批次校正退出或未，失败样本使方向消失即证伪。

命题9：固定批次校正，以「TabulaMuris把整只动物的细」的只检验共享供体、双平台与跨组织注释，不以预测TabulaMuris有效对象数／批；跨批次保留未通过批次校正、在双细胞率退出或未进，失败样本使方向消失即证伪。

命题10：固定空间配准，以「Perturb-seq把基因扰动接到」的只检验向导捕获、编辑效率与单细胞表达响应预测Perturb-seq有效对象数／双；跨批次保留未通过双细胞率、在空间配准退出或未进，失败样本使方向消失即证伪。

补充判据：单细胞组学还须同时公开UMI深度、环境RNA与空间配准的版本，让命题在换批次后仍可由外部团队判定成立或失败。退出对象应保留原始编号、退出时点与处置原因；若补回这些对象会改变方向，原命题就只能保留为样本内描述。

判定记录还要说明双细胞率与批次校正由谁复核、在何时冻结；没有责任人和冻结时点的开放数据，不能承担跨场景比较。

最后保留一张域外反例表，逐项标记空间配准是否改变主结论；每个对象都注明进入分母或排除的理由。

◎ 资料核验

以下二十条收录单细胞组学在1950至2006年间仍被上文正面使用或正面反对的经典命题。它们回答的是另一道问题：现代层每个新读数所改写的老前提，当年由谁、用什么材料立起来。这里不按名望排序，也不回避后来被削弱或判为无效的工作；失效史本身就是可供碰撞的证据。每条采用一行来源、两段正文和五字段碰撞行，并在“今用”与第二段点名它在上文哪一条继续活着。

经一、Coulter电阻抗计数：单个细胞通过小孔引起的阻抗脉冲可用于自动计数和测量体积The Coulter Principle

1953年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把Coulter电阻抗计数涉及的差异并入平均结果。Wallace Coulter没有只给出术语，而是用粒子逐个通过孔道的电压脉冲把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“单个细胞通过小孔引起的阻抗脉冲可用于自动计数和测量体积”。核心读数是被Coulter电阻抗计数稳定区分的对象数∶全部进入比较的对象数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：细胞聚团、孔道重合和形状差异存在时，脉冲幅度不只代表体积。后续工作保留了Coulter电阻抗计数的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从Coulter电阻抗计数倒读本块丁「CyTOF把单细胞蛋白维度扩到几十个标记」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块丁既正面使用Coulter电阻抗计数，也用高维蛋白表型由抗体面板定义，未测蛋白不是阴性。检验其失效条件。

经二、显微分光单细胞测量：单个细胞的核酸与蛋白吸收可以在显微尺度定量Microspectrophotometry

1950年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把显微分光单细胞测量涉及的差异并入平均结果。Tor Bjørn Caspersson没有只给出术语，而是用紫外显微分光与细胞周期比较把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“单个细胞的核酸与蛋白吸收可以在显微尺度定量”。核心读数是被显微分光单细胞测量稳定区分的对象数∶全部进入比较的对象数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：染色、厚度和散射未校正时，光密度不能直接换成分子数。后续工作保留了显微分光单细胞测量的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从显微分光单细胞测量倒读本块庚「smFISH把单分子计数与细胞位置保留下来」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。本块庚据此用显微分光单细胞测量的现代关键读数检验其失效。

经三、单细胞电生理：单个细胞的离子电流可以用动力学方程分解Single-Cell Electrophysiology

1952年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单细胞电生理涉及的差异并入平均结果。Hodgkin与Huxley传统的微电极方法没有只给出术语，而是用枪乌贼巨轴突电压钳把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“单个细胞的离子电流可以用动力学方程分解”。核心读数是符合单细胞电生理预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：巨轴突参数和均匀膜假设不能直接外推到小型异质细胞。后续工作保留了单细胞电生理的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单细胞电生理倒读本块甲「首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块甲既正面使用单细胞电生理，也用单细胞读数揭开分布，但零值可能是未捕获而非未表达。检验其失效条件。

经四、荧光激活细胞分选：荧光标记和液流可把单细胞测量与物理分选连接Fluorescence-Activated Cell Sorting

1972年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把荧光激活细胞分选涉及的差异并入平均结果。Leonard Herzenberg没有只给出术语，而是用荧光检测、液滴充电与克隆回收把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“荧光标记和液流可把单细胞测量与物理分选连接”。核心读数是被荧光激活细胞分选稳定区分的对象数∶全部进入比较的对象数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：抗体门控和存活选择会改变被分出的细胞分布。后续工作保留了荧光激活细胞分选的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从荧光激活细胞分选倒读本块丙「液滴条形码把单细胞规模推到数万」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块丙既正面使用荧光激活细胞分选，也用高通量的分母是进入装载的全部细胞与空滴，不是通过质控的矩阵列。检验其失效条件。

经五、膜片钳：高阻封接可记录单个离子通道的离散开闭The Patch-Clamp Technique

1976年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把膜片钳涉及的差异并入平均结果。Erwin Neher与Bert Sakmann没有只给出术语，而是用膜片电流与通道事件把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“高阻封接可记录单个离子通道的离散开闭”。核心读数是符合膜片钳预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：膜片切除和电压控制改变细胞环境时，记录状态不等于原位状态。后续工作保留了膜片钳的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从膜片钳倒读本块甲「首个单细胞转录组把平均表达拆成个体细胞」，仍能看见这条旧前提在起作用——现代层改变的是对象、尺度或证据门槛，并未取消它提出的问题。因此本块甲既正面使用膜片钳，也用单细胞读数揭开分布，但零值可能是未捕获而非未表达。检验其失效条件。

经六、单克隆抗体：单个B细胞克隆与骨髓瘤融合可持续产生单一特异抗体Monoclonal Antibodies

1975年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单克隆抗体涉及的差异并入平均结果。Georges Köhler与César Milstein没有只给出术语，而是用杂交瘤选择与抗体克隆把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“单个B细胞克隆与骨髓瘤融合可持续产生单一特异抗体”。核心读数是符合单克隆抗体预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：交叉反应和表位变化存在时，单克隆来源不等于绝对特异。后续工作保留了单克隆抗体的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单克隆抗体倒读本块三「CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞」，仍能看见这条旧前提在起作用——现代层改变的是对象、尺度或证据门槛，并未取消它提出的问题。因此本块三既正面使用单克隆抗体，也用多模态减少RNA替代蛋白的误差，却不等于全蛋白组覆盖。检验其失效条件。

经七、限制性稀释分析：按泊松分布稀释可估计功能细胞频率并获得克隆Limiting-Dilution Analysis

1981年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把限制性稀释分析涉及的差异并入平均结果。Peter Taswell没有只给出术语，而是用阴性孔比例与克隆频率把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“按泊松分布稀释可估计功能细胞频率并获得克隆”。核心读数是符合限制性稀释分析预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：细胞互作、不同存活率和非随机分配会破坏单击泊松假设。后续工作保留了限制性稀释分析的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从限制性稀释分析倒读本块七「Tabula Muris把整只动物的细胞类型放到共同协议」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块七既正面使用限制性稀释分析，也用全身图谱扩大参照，供体与解离选择仍决定谁进入图谱。检验其失效条件。

经八、全细胞膜片钳：多种膜片构型可把单细胞离子电流标准化记录Whole-Cell Patch Clamp

1981年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把全细胞膜片钳涉及的差异并入平均结果。Hamill、Marty、Neher、Sakmann与Sigworth没有只给出术语，而是用gigaseal、全细胞与内面向外构型把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“多种膜片构型可把单细胞离子电流标准化记录”。核心读数是符合全细胞膜片钳预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：细胞内液被透析时，长时记录会改变原有信号网络。后续工作保留了全细胞膜片钳的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从全细胞膜片钳倒读本块乙「Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本」，仍能看见这条旧前提在起作用——现代层改变的是对象、尺度或证据门槛，并未取消它提出的问题。因此本块乙既正面使用全细胞膜片钳，也用全长和高吞吐是不同轴，平台选择决定研究分母。检验其失效条件。

经九、流式细胞术体系：散射、荧光和门控可把异质细胞群拆成可复查亚群Practical Flow Cytometry

1985年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把流式细胞术体系涉及的差异并入平均结果。Howard Shapiro没有只给出术语，而是用仪器校准、补偿与门控层级把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“散射、荧光和门控可把异质细胞群拆成可复查亚群”。核心读数是实际按流式细胞术体系执行的单位数∶名义采用该安排的单位数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：门由分析者后验移动时，亚群比例可被同一数据任意改写。后续工作保留了流式细胞术体系的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从流式细胞术体系倒读本块一「人类细胞图谱把细胞参考建成开放坐标系」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块一既正面使用流式细胞术体系，也用细胞图谱是版本化参考，不是人类细胞种类的最终清单。检验其失效条件。

经十、单细胞cDNA文库：单个造血细胞的mRNA可逆转录并扩增为可检测文库Single-Cell cDNA Libraries

1990年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单细胞cDNA文库涉及的差异并入平均结果。Gordon Brady与Norman Iscove没有只给出术语，而是用单细胞裂解、逆转录与PCR把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“单个造血细胞的mRNA可逆转录并扩增为可检测文库”。核心读数是实际按单细胞cDNA文库执行的单位数∶名义采用该安排的单位数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：掉落、扩增偏倚和污染使未检出转录本不能等同于未表达。后续工作保留了单细胞cDNA文库的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单细胞cDNA文库倒读本块乙「Smart-seq把单细胞读数推进到全长转录本」，仍能看见这条旧前提在起作用——现代层改变的是对象、尺度或证据门槛，并未取消它提出的问题。因此本块乙既正面使用单细胞cDNA文库，也用全长和高吞吐是不同轴，平台选择决定研究分母。检验其失效条件。

经十一、单细胞线性RNA扩增：体外转录可近线性扩增单细胞RNA并保留相对丰度Linear Amplification from Single Cells

1992年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单细胞线性RNA扩增涉及的差异并入平均结果。James Eberwine没有只给出术语，而是用aRNA扩增与神经元表达检测把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“体外转录可近线性扩增单细胞RNA并保留相对丰度”。核心读数是实际按单细胞线性RNA扩增执行的单位数∶名义采用该安排的单位数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：3′偏倚和低拷贝随机损失存在时，相对丰度仍会系统扭曲。后续工作保留了单细胞线性RNA扩增的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单细胞线性RNA扩增倒读本块丙「液滴条形码把单细胞规模推到数万」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块丙既正面使用单细胞线性RNA扩增，也用高通量的分母是进入装载的全部细胞与空滴，不是通过质控的矩阵列。检验其失效条件。

经十二、激光捕获显微切割：显微图像中的目标细胞可被激光从组织中物理回收Laser-Capture Microdissection

1996年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把激光捕获显微切割涉及的差异并入平均结果。Michael Emmert-Buck没有只给出术语，而是用病理切片定位与热塑膜捕获把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“显微图像中的目标细胞可被激光从组织中物理回收”。核心读数是由受影响者确认的激光捕获显微切割记录数∶全部机构记录数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：形态误判、邻细胞污染和RNA降解会把空间精度误写成分子纯度。后续工作保留了激光捕获显微切割的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从激光捕获显微切割倒读本块辛「空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。本块辛据此用激光捕获显微切割的现代关键读数检验其失效。

经十三、组织质谱成像：质谱信号可以保留在组织二维坐标中Imaging Mass Spectrometry

1997年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把组织质谱成像涉及的差异并入平均结果。Richard Caprioli没有只给出术语，而是用MALDI扫描与离子强度图把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“质谱信号可以保留在组织二维坐标中”。核心读数是由受影响者确认的组织质谱成像记录数∶全部机构记录数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：离子抑制和像素混合存在时，信号强度不能直接比较单细胞丰度。后续工作保留了组织质谱成像的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从组织质谱成像倒读本块辛「空间转录组把表达矩阵重新放回组织坐标」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块辛既正面使用组织质谱成像，也用空间方法在分子覆盖与位置分辨间交换，彩色图不等于单细胞全转录组。检验其失效条件。

经十四、单分子RNA原位计数：多探针荧光点可在单细胞内逐分子计数特定RNASingle-Molecule RNA FISH

1998年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单分子RNA原位计数涉及的差异并入平均结果。Femino与Singer团队没有只给出术语，而是用固定细胞中的单分子荧光点把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“多探针荧光点可在单细胞内逐分子计数特定RNA”。核心读数是被单分子RNA原位计数稳定区分的对象数∶全部进入比较的对象数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：探针可及性、点重叠和阈值变化会使计数偏离真实分子数。后续工作保留了单分子RNA原位计数的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单分子RNA原位计数倒读本块六「seqFISH+把上万基因留在单细胞原位」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块六既正面使用单分子RNA原位计数，也用原位高维读出保留位置，但测量对象仍由探针清单预先圈定。检验其失效条件。

经十五、单细胞多基因原位谱：组合荧光可在同一细胞中同时辨认多种转录状态Single-Cell Multiplexed FISH

2002年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单细胞多基因原位谱涉及的差异并入平均结果。Levsky与Singer没有只给出术语，而是用多轮标记与转录位点识别把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“组合荧光可在同一细胞中同时辨认多种转录状态”。核心读数是由受影响者确认的单细胞多基因原位谱记录数∶全部机构记录数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：光谱串扰和轮次错配增大时，多重维度会降低单分子判读。后续工作保留了单细胞多基因原位谱的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单细胞多基因原位谱倒读本块六「seqFISH+把上万基因留在单细胞原位」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。本块六据此用单细胞多基因原位谱的现代关键读数检验其失效。

经十六、表达噪声双报告分解：同一细胞内两个报告基因可区分内在与外在表达噪声Dual-Reporter Noise Decomposition

2002年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把表达噪声双报告分解涉及的差异并入平均结果。Michael Elowitz没有只给出术语，而是用两色荧光协方差把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“同一细胞内两个报告基因可区分内在与外在表达噪声”。核心读数是符合表达噪声双报告分解预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：报告器共享资源并非独立时，协方差分解会把耦合误当外在噪声。后续工作保留了表达噪声双报告分解的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从表达噪声双报告分解倒读本块九「批次整合把共同生物与技术差异放进同一优化」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。本块九据此用表达噪声双报告分解的现代关键读数检验其失效。

经十七、基因表达随机性：转录与翻译参数可分别改变噪声和均值Stochastic Gene Expression

2002年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把基因表达随机性涉及的差异并入平均结果。Ozbudak、Thattai与van Oudenaarden没有只给出术语，而是用单细胞荧光分布与调控参数把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“转录与翻译参数可分别改变噪声和均值”。核心读数是符合基因表达随机性预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：细胞周期和生长反馈未控时，噪声变化不只来自表达反应。后续工作保留了基因表达随机性的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从基因表达随机性倒读本块十「Perturb-seq把基因扰动接到高维单细胞表型」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块十既正面使用基因表达随机性，也用扰动因果要按实际编辑细胞与状态分布验收，而非向导标签平均。检验其失效条件。

经十八、单神经元表达谱：看似同类的单神经元具有可测的表达异质性Single-Neuron Expression Profiles

2003年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单神经元表达谱涉及的差异并入平均结果。Fredrik Kamme没有只给出术语，而是用急性脑片单细胞采集与微阵列把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“看似同类的单神经元具有可测的表达异质性”。核心读数是符合单神经元表达谱预测的观察数∶全部接受同一检验的观察数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：取样创伤和低输入扩增会制造与生物异质性同量级的差异。后续工作保留了单神经元表达谱的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单神经元表达谱倒读本块八「跨物种细胞分类把类型改写成连续保守特征」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。本块八据此用单神经元表达谱的现代关键读数检验其失效。

经十九、十七色流式：多参数荧光补偿可在单细胞上同时解析复杂免疫表型Seventeen-Colour Flow Cytometry

2004年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把十七色流式涉及的差异并入平均结果。Mario Roederer团队没有只给出术语，而是用17色面板、补偿矩阵与质量控制把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“多参数荧光补偿可在单细胞上同时解析复杂免疫表型”。核心读数是实际按十七色流式执行的单位数∶名义采用该安排的单位数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：通道串扰和抗体面板后验调整会令高维簇不可复现。后续工作保留了十七色流式的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从十七色流式倒读本块三「CITE-seq把表面蛋白与RNA放进同一细胞」，仍能看见这条旧前提在起作用——现代层改变的是对象、尺度或证据门槛，并未取消它提出的问题。因此本块三既正面使用十七色流式，也用多模态减少RNA替代蛋白的误差，却不等于全蛋白组覆盖。检验其失效条件。

经二十、单分子计数成像：多探针smFISH可测量哺乳动物单细胞转录本分布与爆发Single-Molecule Transcript Counting

2006年前后的默认前提是单细胞组学的主导口径还把单分子计数成像涉及的差异并入平均结果。Arjun Raj与Sanjay Tyagi没有只给出术语，而是用单分子斑点计数与细胞间分布把问题变成可比较的材料；由此得到的判决是“多探针smFISH可测量哺乳动物单细胞转录本分布与爆发”。核心读数是由受影响者确认的单分子计数成像记录数∶全部机构记录数第一次有了可复算分母。

后来的修正并未抹去这条经典，而是把边界划得更清楚：高表达点重叠、细胞分割和固定损失存在时，长尾分布会被压平。后续工作保留了单分子计数成像的问题意识，同时把对象、时间窗和因果范围重新划定。今天从单分子计数成像倒读本块四「sci-CAR把染色质可及与表达配对到同一细胞」，仍可用这条旧前提核对现代层的新证据。因此本块四既正面使用单分子计数成像，也用同细胞多模态解决身份配对，不解决时间方向。检验其失效条件。

◎ 这一层怎么用

读到现代层的某一条时，先沿“今用”回到对应经典，比较两条的关键栏：前者说明单细胞组学近二十年换掉了什么，后者说明被换掉的前提如何取得最初证据。年份边界严格分开，1950年前的工作只作背景，2006年后的主证据只进现代层。

使用时守三条纪律：年代久远不等于免于边界审查；被修正的经典仍可提供失效条件；两层不比高下，也不把同一命题拆写两遍。若经典条无法回指本块具体条目，它就不属于这一层。

◎ 经典层资料核验